近几年来，白求恩军医学院所培养的学员100％适应第一任职需要，分配到内蒙古、西藏等艰苦地区的学员安心工作且颇有建树；北京军区99％的边防卫生干部，都是从该院走出的莘莘学子。
确立新的办学思路，是该院教学改革的“第一斧”。院党委经过充分调研论证，制定了新的教学计划和教学大纲，改变了延续多年的灌输型、教员中心型和封闭型的教学方式，积极推行生动式、学员自主式的教学方法，引导学员多向思维、异向思维和前瞻思维，培养学员独立思考、勇于创新的能力和习惯，把“要我学”变成“我要学”。
加大教学基础设施建设，改善教学手段，是该院教学改革的又一“重笔”。自1999年以来，学院共投入1300余万元用于教学设施建设，教学设备总值净增700余万元。新建了多功能语音室2个，添置语音设备48套，新改建了多媒体教学18个，购置投影仪22部，使学院的教室设备实现了现代化、自动化；新建了中草药标本室2个，为中医教学提供了方便条件。为全院增配微机180台，教学人员基本接近人手一台；建起了第二期校园网，扩大了联网规模和传输容量，实现了网上教学、远程教学，并更新了药学、外科、内科、病理、基护等教研室仪器设备，使大部分课程实验的技术含量不断提高。
该院毕业的学员大部分要到师以下的边防部队任职。因而把学员培养成政治坚定信得过、技术优良用得上、扎根边疆留得住的人才，成为该院育人的“首项工程”。针对现在学员中独生子女占97％、干部子女占40％、女学员占65％的实际，他们把帮助学员坚定对马克思主义的信仰、坚定对社会主义的信念、坚定对改革开放和现代化建设的信心、坚定对党领导的信任，作为学院思想政治育人工程的重要环节来抓。优化政治理论教学内容，建立新时期政治理论教学的课程体系，以《共产主义思想品德》、《毛泽东思想概论》、《邓小平理论》课为主干，探索出了“三层三点四贴近”的理想信念教育路子。“三层”，即把理想信念理论分为指导理论、基础理论和具体运行理论三部分，根据各层特点分别讲清理论的科学必然性、现实可行性和具体实施的方法步骤。“三点”，即把学员中的“特点、疑点、难点”问题作为教育的突破口，逐一剖析，讲清讲透。“四贴近”，即根据邓小平同志提出的“学马列要精，要管用”的原则，使政治理论课教学贴近时代、贴近社会、贴近学员思想、贴近培养目标。近几年来，每年的毕业学员都主动申请到西藏、内蒙最苦的地方去工作。
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